FITAC está administrada por la Asamblea General de Federados la cual elige, por un período de dos años, una Junta Directiva compuesta por 9 miembros principales y 9 suplentes, los cuales corresponden a seis representantes de cada uno de los tres Institutos (Transitarios, Intermediarios Aduaneros y Almacenadores), sin importar el número de asociados que constituya a cada uno.
La gestión operativa corresponde a la Presidencia y Dirección Ejecutiva que emprende y desarrolla las políticas diseñadas por la Junta Directiva.
Por su parte, cada Instituto cuenta con comités permanentes que se encargan de evaluar tanto su actividad como su normatividad y reglamentación.
Igualmente, se han creado capítulos altamente autónomos en cada una de las ciudades de mayor importancia aduanera del país. Éstos operan con comités locales que se encargan de los asuntos de su región en coordinación con la sede central. En otras ciudades, que poseen servicios aduaneros, la presencia de varios corresponsales garantiza una amplia cobertura a nivel nacional.
La Federación también cuenta con centros de capacitación.